不從學科出發，從難題出發；不宣稱解決一切難題，只在能被檢驗的地方破題。
「破題」不是宣稱解決了某個難題，而是選擇一個難題作為入口，用生之科學的工具給出一個可以被獨立檢驗的切入，並把檢驗結果——無論成敗——公開登記。各領域難題與生之科學概念之間的映射，在經過建模與檢驗之前一律只是闡釋級的讀法。下文的評分與圈層是初評，待作者審定後凍結。
遴選標準
生之科學的破題問題，應當是存在之科學的某些默認預設在其中失效的難題。五項預設是：① 良基與無循環；② 主客獨立；③ 目標點存在；④ 路徑可列舉；⑤ 分支可分解。預設失效是遴選的必要條件而非充分條件：每題還按生成性特徵、可檢驗性、資產成熟度、社會價值與風險五項評分。五年內無可行檢驗的問題歸入外環。
內環：首選破題問題
內環六題由問道研究所主導破題，恰好分佈在科學、技術與社會三個領域，每一題都對應一項已有的工具或研究線。
S1 · 生命科學
細胞命運的控制與重編程
目標命運應在網路的吸引子中選取，而不是表達譜空間裡任意一點。切入：窮舉吸引子與吸引盆，搜尋最小干預組合；對照已發表的敲除、過表達與重編程實驗檢驗。工具：旋機全基因組分析器。
S8 · 數學與邏輯
循環結構的形式化與機器驗證
把固有類與 νF 的對應、AFA 唯一解、互模擬判據以及克 ＝ 生² 等結構定理逐條寫入 Lean 證明助手。驗證者是證明檢查器本身，獨立性最強。
T1 · 人工智慧
大語言模型的概念結構評測
評測模型內部概念如何彼此生成，而不只是題目得分。切入：DTEB 構念效度研究，事先登記構念與判定閾值。
T3 · 軟體工程
循環依賴與系統同一性
以互模擬判定行為等價，區分「應當打破的循環」與「構成系統功能的循環」。貢獻不在檢測演算法（已有成熟工具），而在統一的分類框架與可檢驗的預測。
H1 · 社會
個人與組織的目標實現
旋機成事：識別實現願望的旋機，作三值存在性判定（可實現、需調整、當前不可實現），給出點火與剋制設計，以撤出檢驗確認閉合。不向使用者承諾必然成功。
中環：需要領域合作者
中環十三題在結構上屬於生之科學的問題，但缺少資產、需要領域資料與合作者，或宣稱風險較高。進入方式：領域合作者主導，生之科學提供結構分析與工具，合作者對領域結論有否決權；進入時間不早於內環至少兩題取得 PASS 並有獨立覆核之後。
| 結構 | 問題 |
|---|---|
| 狀態鎖定與突變（吸引子與吸引盆） | 癌症作為異常吸引子狀態；生態系統的狀態突變與早期預警；貧困陷阱；技術與制度的路徑依賴；電網與基礎設施的級聯失效 |
| 反身性與共適應（主客互生） | AI 對齊中的人機共適應；推薦系統與資訊繭房；金融市場的反身性與泡沫；社會極化與信任下降；病原體耐藥的共演化 |
| 自指循環與知識生態 | AI 生成內容回灌導致的模型退化；科學研究的可重複性危機；學習與技能習得的點火閾值 |
醫學、金融與政治相關的問題只以合作、結構分析的方式進入：不作治療、投資或政策方面的宣稱；金融相關的工作附免責聲明，不構成投資建議。
外環：不作破題宣稱
生命起源、意識的難問題、量子測量與量子引力、氣候系統的臨界點：五年內沒有生之科學可以提出、可由獨立方檢驗的切入。對這些問題，生之科學不作任何破題宣稱；自催化閉環、意識的自指結構與固有類確有結構上的呼應，但在有可檢驗的切入之前，不說「生之科學解釋了意識」或「揭示了生命起源」。主動列出不作宣稱的問題，本身就是可信的訊號。
閉環問題的理論缺項
企業講投資閉環，產品講資料飛輪，投資者以自身影響力塑造所投資的市場：實踐已經學會了畫圈，理論還停留在畫線。閉環並非沒有理論——控制論、系統動力學、理性預期、反身性與表演性理論、二階控制論都在處理閉環——問題是它們各管一段、互不相通。並非所有閉環都是固有類：恆溫器式的過程閉環可以完全良基地描述，控制論已處理得很好。
| 層級 | 特徵 | 例 |
|---|---|---|
| 一 過程閉環 | 在獨立對象上施加反饋，狀態空間固定；良基，屬存在之科學 | 恆溫控制、閉環胰島素輸注 |
| 二 自持閉環 | 閉環本身構成實體：有點火門檻，越過即自持，斷裂即消亡 | 企業資本循環、網路效應、資料飛輪、習慣 |
| 三 反身閉環 | 預測者身處被預測對象之中，預測改變對象 | 指數納入的價格迴路、前瞻指引、推薦系統 |
| 四 生成閉環 | 閉環在執行中改寫自己的規則乃至狀態空間 | 組織的雙環學習、AI 自動化 AI 研發 |
七項理論缺項：閉環作為個體的本體論；閉環的同一性判據；點火與自持的條件；反身情境下的驗證方法；閉環結構的分類學；改寫自身規則的閉環；閉環問題的可解性邊界。生之科學對多數缺項有對應的概念與形式工具，但對應不等於解決——除可解性邊界外，應用於實踐的地位均為闡釋級、待檢驗或綱領級。它能否成為這類問題的理論基礎，由對應原理檢驗：既要證明經典反饋控制、理性預期均衡是其退化情形，又要在既有理論失效之處給出可檢驗的新結果。
體系自身的開放問題
- 大一統定理：回捲引理、不可分割引理與萬殊同構引理（寫作中）。νF 存在且唯一與全集 V 不存在為其數學對偶錨點定理級，定理整體綱領級
- 分支必然性定理：外部錨點（塔斯基、哥德爾）定理級，整體目前結構推論，須形式化方成定理。
- 跨域五行映射：每一項須經 ℤ₅ 真代數驗證（步長 1 與 2 兩條有向哈密頓圈且克 ＝ 生²）；失敗要誠實報告，正確結構常為四象。
- 雙軌 AI（3T、FPRC、FPBA、FPMA）：方向已明，效力待實證綱領級