西方知識體系以「是」為核心算子，研究良基的存在者；它的精確邊界是 ZF 集合論的正則公理。被正則公理排除的固有類——循環自嵌套、以自身為前提的結構——正是另一門科學的起點：以「生」為核心算子的生之科學。
研究對象
本體論問「這個存在者是什麼」，這些問法都預設存在者已然在場；在「到來」之前，它保持沉默。這一沉默是結構性的，在意識、湧現、自指、生命生成與時空生成五處表現出來，共同根源是固有類。結構推論
固有類：其存在以自身為前提、構成循環的個體；被正則公理排除，數學家園是終餘代數 νF（νF ≅ F(νF)）。此處「固有類」不取 NBG 中「過大而不能為集合」的技術含義。
定理級固有類 ↔ 終餘代數 νF，以及由反基礎公理（AFA）給出的互模擬身份判據，是貫穿全部文稿的唯一定理級錨點；有限情形可用 Paige–Tarjan 分劃細化判定。
核心問題
- 存在者如何來到存在？——生成的問題，而非屬性的問題。
- 兩極如何同時湧現、互相定義？——互生的問題。
- 一個過程怎樣維持自身？——旋機的問題。
方法
生之科學沒有公理。它以本原方程（不動點方程）取代公理命題，以餘歸納取代歸納，以自舉演示取代一致性證明，並用自例化與守護性兩條判據檢驗自身的合法性。道是算子而非最高存在者：不可公理化，只可算子化。結構推論
與存在之科學的關係
| 維度 | 存在之科學 | 生之科學 |
|---|---|---|
| 根本問題 | 存在者是什麼？ | 存在者如何來到存在？ |
| 核心算子 | 是（BE） | 生（Shēng） |
| 對象 | 良基存在者 | 固有類（循環自嵌套個體） |
| 形式工具 | ZF 集合論、一階邏輯 | 陰陽五行論；接駁 AFA、終餘代數 νF |
| 認識論 | 順序識別，有認知原點 | 循環識別，無認知原點 |
| 推理準則 | 保真 | 保生 |
| 方向 | 向上抽象（機率性） | 向下演繹（確定性） |
兩門科學在概念層面（生／存在）互生對稱；在體系層面是涵攝非對稱：存在之科學是生之科學在存在獨立性 ι→1 極限下的退化投影。退化不等於錯誤或低劣——退化投影在其論域內完整自洽，正是現代科學的全部成功所在。結構推論
體系結構
《生之科學》按生成環節而非學科分支編排，分為七編：甲界、乙道、丙生、丁運、戊形、己物、庚歸。舊有的「生成本體論」「生成邏輯學」等學科稱謂降為詞典級對照名。