全書結構自身須例示其所論證的理論（自例化）：分支是向上抽象的必然形態，整體是向下演繹的自然形態，生之科學站在生成一側，所以按生成環節編排，而不按學科分支。
七個生成環節
甲 · 界
邊界
從邊界外望：存在之科學的完整性、結構性沉默與分支之必然。全書唯一站在存在之科學一側的一編。
乙 · 道
本原
道作為算子；無公理的基礎：本原方程、餘歸納與自舉。
丙 · 生
展開
三次生成與八卦本體認識論；循環識別；旋機吸引子系統的形式化。
丁 · 運
運轉
旋機的運轉之理：生成邏輯、潛能與模態、時間、空間與位置。
戊 · 形
形數
個體論元語言、聚、本原方程與導出引理、存在獨立性指數 ι 與五行之數。
己 · 物
萬物
萬殊同構的證據層：概念、語言與文字、人工智慧、貨幣與社會。
庚 · 歸
歸一
大一統定理（寫作中）、知識體系的重構、回望邊界。
本站各分支的條目
學科地圖
本學科的主要分支。每個分支下是一組相互關聯的條目；分類說明就寫在「文章 › 分類」裡。