下列工具都是结构分析工具，不取代领域方法；工程级的系统效力待实证。每个工具都对应一个首批问题类：生之科学以「问题—解法包」交付成果——从问题出发，事先登记预测与判定阈值，公开工具、代码与实测结果（包括失败），附验证证书。
工具与平台
软件
旋机全基因组分析器
基因调控网络的旋机分析：找回路、标相位、判型、穷举吸引子与吸引盆。已对 Li 2004 酵母细胞周期网络完成四重独立验证的复现。首个解法包（细胞命运）的基础。工程级
平台
旋机成事 v0.4.1
识别实现愿望的旋机，作三值存在性判定，给出点火与克制设计，以撤出检验确认闭合。前瞻数据满 100 条之前不开放回流分析。不承诺必然成功。工程级
评测
双轨评测基准 DTEB
以双轨概念生成论评测语言模型的概念结构；DualTrack 七卷实测在先（其中包括被真实数据证伪的预测），构念效度研究按预注册进行。纲领级
数据库
概念生成图谱 CGM
概念生成关系的数据库与循环结构识别；与互模拟身份判据（定理级）配合，用于软件循环与同一性问题。
模型
五行货币动态模型 v3.0
货币与社会经济动力学的五行模型，只以预注册预测与公开台账的方式运行。工程级不构成投资建议。
验证设施
形式化
Lean 形式化库（建设中）
把定理级结论逐条写入 Lean 4 证明助手：首条试点为克 ＝ 生²，其后是 5 为最小双哈密顿封闭、5 ∤ 2ᵏ、旋机胞半群可解、RSC₀ 健全完备。
台账
预注册与结果台账（建设中）
解法包的预测与判定阈值在看到数据之前登记；结果无论 PASS、PARTIAL 还是 FAIL，一律记入公开台账。