全书结构自身须例示其所论证的理论（自例化）：分支是向上抽象的必然形态，整体是向下演绎的自然形态，生之科学站在生成一侧，所以按生成环节编排，而不按学科分支。
七个生成环节
甲 · 界
边界
从边界外望：存在之科学的完整性、结构性沉默与分支之必然。全书唯一站在存在之科学一侧的一编。
乙 · 道
本原
道作为算子；无公理的基础：本原方程、余归纳与自举。
丙 · 生
展开
三次生成与八卦本体认识论；循环识别；旋机吸引子系统的形式化。
丁 · 运
运转
旋机的运转之理：生成逻辑、潜能与模态、时间、空间与位置。
戊 · 形
形数
个体论元语言、聚、本原方程与导出引理、存在独立性指数 ι 与五行之数。
己 · 物
万物
万殊同构的证据层：概念、语言与文字、人工智能、货币与社会。
庚 · 归
归一
大一统定理（写作中）、知识体系的重构、回望边界。
本站各分支的条目
学科地图
本学科的主要分支。每个分支下是一组相互关联的条目；分类说明就写在「文章 › 分类」里。